Naturen på Gullö är omväxlande och lummig. Gårdens centrum på öns norra spets är omgiven av lummiga eklundar med mångsidig flora och ett rikt fågelliv. Lundarna var betade hagmarker under gårdens första århundraden men lämnades sedan småningom orörda. De fridlystes på 1950-talet men har i praktiken varit naturskyddsområden i över 200 år.
Längre inne på ön är terrängen kuperad och växlar mellan bördig skogsmark, berg, mossar och tre insjöar som alla har obebyggda natursköna stränder. Här finns många skogsstigar att vandra längs. Ödemarksmiljön kring Byträsket och Långträsket är naturskyddsområde och hör till Naturaprogrammet.
På Gullös högsta punkt Bötesberget finns ett utsiktstorn med fina vyer över skärgården och Ekenäs skärgårds nationalpark.